Das Erzbistum Freiburg wird von einem Erzbischof geleitet, der zugleich einer Kirchenprovinz aus mehreren benachbarten Bistümern vorsteht. Der Erzbischof von Freiburg ist auch Metropolit der Oberrheinischen Kirchenprovinz mit den beiden sogenannten Suffraganbistümern Mainz und Rottenburg-Stuttgart.

In der Leitung seiner Diözese wird der Freiburger Erzbischof von drei Weihbischöfen und dem Domkapitel unterstützt. Dessen Mitglieder haben das Recht, beim Freiwerden des Bischofsstuhls aus einem Dreiervorschlag des Papstes den neuen Erzbischof zu wählen.

Die Verwaltung des Erzbistums ist zusammengefasst im Erzbischöflichen Ordinariat, das der Leitung des vom Erzbischofs berufenen Generalvikars untersteht.

Für die kirchliche Gerichtsbarkeit, z. B. Eheannullierungen, ist das Erzbischöfliche Offizialat zuständig, das im Auftrag des Erzbischofs vom Erzbischöflichen Offizial geleitet wird.